求助：如何使用NCBI查找mir 34a 启动子区序列序列

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-01-16 14:49 标签： t7启动子序列
关注今日：0 | 主题：107587
微信扫一扫
扫一扫，下载丁香园 App
即送15丁当
求助如何在NCBI中查找到一个基因的启动子序列
页码直达：
这个帖子发布于6年零73天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
[img]file:///C:/Program%20Files/Tencent/QQ/Users//Image/6F~MS2SOLV[T3OTZ~@J8R)D.jpg[/img]请问各位高手这个大鼠胰岛素启动子的序列在NCBI中怎么查找呢？实验告急，请大家帮帮忙。再次深表感谢。prIns1GFP was generated by fusing the rat insulin I promoter sequence (-411/+1 bp) of pOK1 (Karlsson et al., 1987) with the “humanized” GFPS65T variant in p0GFP. 实验的目的就是扩增大鼠胰岛素1基因的启动子序列（或者转录起始点上游的调控序列）来与绿色荧光蛋白融合成prIns1GFP这个报告载体。所以求大家帮忙找出这一段序列。
不知道邀请谁？试试他们
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
本帖仅楼主和作者可见
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
本帖仅楼主和作者可见
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
本帖仅楼主和作者可见
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
关于丁香园君，已阅读到文档的结尾了呢~~
扫扫二维码，随身浏览文档
手机或平板扫扫即可继续访问
在NCBI数据库里如何找到启动子序列
举报该文档为侵权文档。
举报该文档含有违规或不良信息。
反馈该文档无法正常浏览。
举报该文档为重复文档。
推荐理由：
将文档分享至：
分享完整地址
文档地址：
粘贴到BBS或博客
flash地址：
支持嵌入FLASH地址的网站使用
html代码：
&embed src='/DocinViewer-4.swf' width='100%' height='600' type=application/x-shockwave-flash ALLOWFULLSCREEN='true' ALLOWSCRIPTACCESS='always'&&/embed&
450px*300px480px*400px650px*490px
支持嵌入HTML代码的网站使用
您的内容已经提交成功
您所提交的内容需要审核后才能发布，请您等待！
3秒自动关闭窗口查看: 36417|回复: 9
积分307&威望307 &包包1118 &
积分307&威望307 &包包1118 &
本帖最后由 细胞海洋 于
00:41 编辑
我很少涉及分子的东西，请教高手，如何从ncbi上找该启动子序列？？？我找了，似乎都不对
积分850&威望850 &包包37 &
积分850&威望850 &包包37 &
可以克隆+1前述的1000bp
欢迎参与讨论
总评分:&威望 + 2&
包包 + 10&
积分378&威望378 &包包143 &
积分378&威望378 &包包143 &
利用Map viewer查找启动子（Promoter）
一、打开Map viewer页面，网址为：
在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。
二、点击“GO”
三、在步骤二的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter.* z2 q* e. C; s6 i. L5 R+ }2 e3 z
四、点击reference对应的&Genes seq&，出现新的页面9 I7 p( ~% \; i0 _. C8 S) `
五、点击出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能
欢迎参与讨论
你的热心，成就卓越。
总评分:&威望 + 20&
包包 + 30&
积分362&威望362 &包包826 &
积分362&威望362 &包包826 &
回复 2 l2 P5 ^* e0 v4 W# o. ]
&&f+ j# C8 F) \& r& Z( i4 L
1000bp的话是不是有点短啊，有的时候看文献，貌似还要更往前一点，是不是不同的基因不一样啊。
欢迎参与讨论
总评分:&威望 + 2&
包包 + 10&
积分1&威望1 &包包13 &
积分1&威望1 &包包13 &
用ensembl，很方便的
欢迎参与讨论
总评分:&威望 + 1&
积分165&威望165 &包包431 &
积分165&威望165 &包包431 &
这是个Transcriptional Regulatory Element Database。
里面可以按照基因名称搜索到每个基因的启动子序列。$ T; I8 w- v3 P/ K$ Q' _1 J
但是也是按照通用准则，即基因前面bp来认定的。
欢迎参与讨论
总评分:&威望 + 5&
包包 + 10&
积分10&威望10 &包包326 &
积分10&威望10 &包包326 &
ncbi上的转录起始位点都是机器预测的，不一定准，一般要参考一些以前做过目的基因转录调控的文献来确定一下比较可靠，如果转录起始位点的位置确定了，那么启动子一般应该在-1000以内，置于调控区就不好确定了，甚至可能出现在-30k或是3‘utr的后面。
欢迎参与讨论
总评分:&威望 + 5&
包包 + 10&
积分850&威望850 &包包37 &
积分850&威望850 &包包37 &
你看看这个网站，专门设置启动子
欢迎参与讨论
总评分:&威望 + 2&
包包 + 10&
积分307&威望307 &包包1118 &
积分307&威望307 &包包1118 &
积分437&威望437 &包包1012 &
积分437&威望437 &包包1012 &
ok 谈谈我的经验 最初作为菜鸟 我是直接从NCBI上直接下载启动子序列的 不过这个时候一定要注意 一是你的基因是反向编码 还是正向编码的 新手容易搞错的 然后就是启动子序列的选择 一般前2000bp足够了 5000bp同样可以 只是在序列选择那个地方多减去你要的长度而已；二是并不是所有物种都好使的，所以你要就human 或者mouse一般没有问题；三是注意修改显示片段长度后，一定要确认显示的正确与否，因为有时候NCBI的序列没有改变。
当然现在有不同的网站也可以供你下载启动子序列，楼上的几位已经详细说了 不累述。$ y4 W2 h7 V# K; X6 r) u$ c$ a
欢迎参与讨论
总评分:&威望 + 20&
包包 + 30&
Powered by您所在位置： &
&nbsp&&nbsp&nbsp&&nbsp
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA.doc19页
本文档一共被下载：
次 ,您可免费全文在线阅读后下载本文档
文档加载中...广告还剩秒
需要金币：100 &&
你可能关注的文档：
··········
··········
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等
最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自 己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。希望大家都能发表自己的使 用心得，让我们共同进步！ 我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用： Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter Part two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列 Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列 Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性 特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！ 从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我 投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！ 请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高 的战友给予补充 First of all，还是让我们从查找基因序列开始。 第一部分 利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、 启动子（Promoter）
下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤 1． 打开Map viewer 页面， 网址为： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：
2．点击“GO”出现如下页面：
3． 在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框， 在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：
说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了 三个，是不同的部门做出来的，
正在加载中，请稍后...

我要回帖

更多关于 t7启动子序列 的文章

 

随机推荐