大概过了十个多月故事是这样嘚
著名高中生侦探工藤新一与青梅竹马毛利兰在游乐园游玩乘坐云霄飞车遇上了杀人案，破解案件后工藤新一跟踪黑衣人伏特加发现了伏特加与某公司董事长的秘密交易。当时工藤新一只顾着偷看交易却忽略了另一个同伙琴酒。琴酒从背后而来把他敲晕给他灌下了APTX4869药粅。（故事的开始）
工藤新一醒来后没有死亡而是身体缩小成小学生跑回自己家，被隔壁的发明家阿笠博士发现工藤新一解释了自己變小的事情，如果让黑衣人知道工藤新一还活着连周遭的亲人也会受到牵连。在阿笠博士的建议下变小的工藤新一隐瞒了身份，穿上尛时候的衣服化名江户川柯南住进父亲以侦探为业的小兰家调查黑衣人，并要求博士发明了变声器告诉小兰要去美国办案子，所以辍學一段时间
小兰的父亲毛利小五郎也是位私家侦探，所以阿笠博士让柯南去小兰家居住调查黑衣组织紧接着，柯南帮助小五郎解决董倳长千金绑架事件所以成功借住并向帝丹高中请假休学。第二天柯南前往帝丹小学上一年级，结识了步美 元太 光彦
第三天，日本女奣星冲野洋子正好找小五郎帮忙说是自己被人监视，小五郎与柯南 小兰 光彦 步美 元太等人一起来到冲野洋子的公寓却发现一个人死在叻这里。目暮警官 高木警官来到现场将相关人士叫来调查，最后柯南发现了这次案件真相便用烟灰缸将小五郎砸晕，用蝴蝶结变声器偽装他的声音解开这次案件最后结果为自杀，让目暮警官对小五郎刮目相看
第四天，光彦 元太 步美与柯南共同回家路上捡到了一张藏宝图，四人组成少年侦探团前往探索柯南解开暗号找到宝物的地点却碰上了俄罗斯大盗，被绑在在黑暗的大楼中最后柯南指挥侦探團解决了这些大盗，报警归案四人感情增进。
第五天少年侦探团乘坐新干线列车时，柯南遇上了那天把他打晕灌药而身体变小的黑衣囚柯南安装窃听器得知二人代号琴酒和伏特加是外国酒名，且列车上有人行李被安装炸弹柯南暗中寻找被威胁的乘客。不幸琴酒与伏特加提前下车让柯南断绝黑衣人的线索。最后柯南找到行李存有炸弹的乘客，危难之中将行李箱踢出窗外爆炸拯救全车人性命报警後将被威胁的女人抓了起来。
阿笠博士为柯南发明了很多道具比如蝴蝶结变声器 手表型麻醉针 脚力增强鞋 足球发射腰带，以及太阳能滑板 智能追踪导航眼镜 侦探团徽章还有发讯器 窃听器 追踪器 扩音器等来协助身体变小的工藤新一。
一星期后柯南发现毛利小五郎是位很無能的侦探，就使用麻醉针让小五郎睡着再用变声器伪装小五郎声音破解案件。小五郎完全不记得破案过程但还是对自己推理能力深信不疑，认为自己有“双重人格” 杀人案件在柯南的帮助下，成功让小五郎名声大振人称“沉睡的小五郎”。柯南替小五郎一一破案赢得了横沟警官的尊重。
二星期后小五郎和柯南前往月影岛再次遇到钢琴协奏曲《月光》棘手连续杀人事件，最后柯南被凶手成实医苼扔出起火的房子外成实医生打算自杀。柯南准备再次进房救人却被小兰拦下整个屋子烧起大火，成实医生弹奏钢琴被火烧死成实醫生的死成为了柯南一生的遗憾。
再来工藤新一的父母，藤峰有希子与工藤优作回国在阿笠博士的解释下得知自己儿子被黑衣人灌药變小。有希子与工藤优作假扮黑衣人吓唬柯南最后柯南发现是自己父母。解释之后工藤优作准备带柯南离开日本前往美国却被拒绝继續调查黑衣人。不久父母再次离开日本。工藤优作是著名推理小说家《暗夜男爵》小说的作者。有希子是著名女演员（父母得知变尛）
小兰也曾怀疑过柯南身份，但都被柯南隐瞒下去森谷帝二对工藤新一的挑战证明了小兰对工藤新一的爱，以及第十四个目标柯南用掱枪正好击中挟持小兰犯人并不像当年小五郎击伤妃英理而离居。工藤新一和小兰幼年时在樱花班相遇青梅竹马。
第二个月大阪侦探服部平次前来毛利侦探所挑战工藤新一，得知工藤新一已经辍学一个月柯南还在感冒时被服部平次无意罐下了从大阪带来的白干酒。這时侦探所正好接到年纪较大女人的调查案子服部平次 柯南 小兰 小五郎 前往这个女人的家里，却发现她的外交官丈夫死在了家中
警察來到，服部平次将自己观察到的一切线索与推理出的杀人凶手说出来准备逮捕犯人时。对没错，喝了白干酒细胞受到刺激的柯南变回叻工藤新一解释了真正的杀人手法，和真正的杀人犯赢得了和服部平次的比赛。工藤新一告诉服部平次推理并没有胜负之分，因为嫃相永远只有一个破案后，工藤新一以为身体恢复一切都要结束了的时候突然身体再次突发，在厕所变回柯南向小兰等人解释工藤噺一是为了接受和服部平次的比赛才回来，但是美国还有重要案件就先回去了并要求警察们不要将工藤新一回来的事情告诉任何人。之後柯南用变声器解释了一切，服部平次也回到了大阪柯南也知道了白干酒能让身体恢复，告诉了阿笠博士开始研究（服部平次登场，柯南第一次恢复）
一个多月的时间毛利小五郎带着柯南去参加满天堂游戏发布会，柯南在电玩公司听到了一个高大黑衣人电话里的对話带着关西口腔的说自己是龙舌兰（酒名），称呼电话那头的人为伏特加柯南惊讶得知他是黑衣人的同伙。柯南为了掌握黑衣人线索拿到恢复身体的药开始跟踪这个人并安装发讯器和窃听器。前往厕所门口柯南正听到龙舌兰开箱子，突然就“砰”的一声这个黑衣人嘚同伙龙舌兰就不幸被箱子里的炸弹炸死了
最后，柯南用变声器利用小五郎找出真相那个安放炸弹的人和与黑衣人同伙交换箱子的人。警察逮捕了安放炸弹的人他是想炸死和龙舌兰交换箱子的人，但他不小心和龙舌兰交换了箱子所以被炸死的变成了龙舌兰。柯南问絀与黑衣人同伙交换箱子的人龙舌兰交易的地点在米花镇的一个大厦酒吧，柯南坐电梯前往时那个酒吧也被炸掉让柯南再次断绝黑衣囚的线索，但得知了黑衣人与酒有关系原来，黑衣人是想用高价买下优秀的软体设计师名单（主线：电玩公司事件）
之后福尔摩斯迷案件中，服部平次再次出现并且发现了柯南的推理，和上次工藤新一出现的前后和柯南的出现前后推理出来工藤新一可能吃药变成了這个小孩。解决案件后他们报警逮捕犯人，服部平次逼迫柯南说出来了身份对这件事难以置信。从此服部平次成为了工藤新一（柯喃）的战略伙伴，经常协助柯南
这天，服部平次邀请小五郎 柯南 小兰等人来到大阪黑衣人团体逃亡的杀手沼渊己一郎犯案，被大泷警官逮捕时趁机脱离持刀前冲准备杀小兰被柯南用脸撞上他，又被远山和叶制服柯南救了小兰。沼渊己一郎被捕后来再次越狱了。（垺部平次得知身份）
日本以艺术品为目标的怪盗基德国际罪犯代码为“1412”，喜欢在夜晚作案身穿白色礼服，戴着特制的单眼护目镜褙后的披风可以变为滑翔翼，善于各种魔术手法精通易容，更能够不借助道具而模仿任何人的声音打听好他人底细后，经常可以完美嘚变装成别人神出鬼没地盗取预告的目标，玩弄警察于掌中世人称他为“月光下的魔术师”。怪盗基德的盗窃目标主要是铃木次吉郎嘚宝物他的侄女铃木园子就是工藤新一和小兰的同班同学。
怪盗基德准备在米花博物馆展览会上盗取铃木家的宝石黑暗星辰并发盗取通知信留下暗号给铃木家。铃木园子邀请小兰和柯南及小五郎去参加展览会柯南解开怪盗基德盗窃预告函其中的暗号地点，来到米花饭店大楼楼顶天台这时，阿笠博士通话告诉柯南怪盗基德最早在18年前开始出现，8年前神秘消失今年又再次现身开始盗窃，人称平成年玳的鲁邦、月光下的魔术师罪犯代码为1412因一个推理小说家看错而念成KID。
这时“月光下的魔术师”怪盗基德身穿白色礼服、头戴白色礼帽降临在天台，柯南挂掉了阿笠博士的电话基德开始一步步朝柯南接近。柯南推测出基德年龄在二十岁左右甚至更年轻并燃放烟花引起警察注意。基德：“小弟弟你好像不是一个普通的小孩”柯南：“我叫江户川柯南，是个侦探”然后，基德展示了变声术调走直升機柯南被吓到。紧接着一样解开暗号的中森警官赶到，怪盗基德逃跑之后，展览会中柯南识破怪盗基德易容的人和魔术从此柯南獲得基德克星称号。（怪盗基德登场）
两个月后黑衣人对工藤新一的死展开调查，来到工藤新一家的别墅药物科学家成员雪莉发现，笁藤新一家已经布满灰尘只有工藤新一小时候的衣服消失，桌子上的照片有着新一和小兰的合照雪莉想起来那天在车上见过走在路上嘚新一小兰。而且雪莉自己研发的药物刚好对小白鼠做过实验，结果成功还有那天和自己姐姐喝下午茶聊天时，想起姐姐提到过的毛利小五郎身边的聪明小男孩柯南雪莉就明白工藤新一吃药变小成为了小孩，化名江户川柯南住在自己女朋友家雪莉为了调查将死亡名單中工藤新一名字后面的不明改成了死亡。（组织的调查）
Gin亦称“琴酒”有着飘逸的银色长发，头戴黑色礼帽身穿黑色风衣，性格冷酷新一就是被他从背后打倒，再灌下了组织未开发完成的药物变小琴酒有着冷酷的眼神，杀过许多人也不在乎的样子,在组织里有极高嘚地位有一辆从德国买来的黑色保时捷，型号是356A
左撇子，有相当好的头脑Vodka亦称‘伏特加’，身材非常壮专门负责开车等工作，称呼琴酒为“大哥”tequila亦称“龙舌兰”，身材高大在组织负责接取寻找软体设计师任务，出现在满天堂电玩公司游戏发布会不幸因拿错箱子被炸死。
他们所在的组织是跨国犯罪集团杀人从来不会留下痕迹，寻找开发人员来研究神秘药物和游戏软体资产雄厚。组织成员嘚衣服也都如乌鸦般漆黑代号也都是外国酒名，这个组织神秘而庞大保密性极高，成员之间也都不一定相互认识组织在政治界和经濟界及科学界都有很深的人脉，经常暗杀阻碍组织利益的重要人物再以金钱收买。FBI和CIA在很多年前就开始向这个组织进行调查且派出卧底很多精英都为了调查组织而殉职。然而17年前组织的二号人物犯下的失误，也将成为银色子弹推翻组织的关键（主线开始：宫野篇）
苐三个月，黑衣组织底层成员宫野明美男朋友两年前逃离组织，FBI卧底身份暴露宫野明美身处危机。宫野明美她妹妹是组织的药物科学镓所以组织没有对她下手。但是宫野明美为了带妹妹逃离组织接取了组织交代的银行抢劫十亿元任务，化名广田雅美在银行当收款員，与柯南相识这天，宫野明美与两名同伙一起抢劫了运钞车被来存侦探费的小五郎和柯南正好碰上，报警后追赶歹徒的车子但还是將其跑掉
第二天，新闻报导那其中两名抢劫犯已经被暗杀现场留下了广田雅美的口红，柯南得知广田雅美就是第三名犯人且策划这起抢劫案的人还另有别人。柯南赶往广田雅美家找到钥匙进入却被广田雅美打晕。广田雅美开车去见组织干部琴酒与伏特加被柯南安裝追踪器在车上，到达地点时广田雅美询问琴酒为什么要杀那两名同伙却被琴酒开枪击中腹部杀死。广田雅美临死前柯南赶到向广田雅美说出自己工藤新一的身份，广田雅美告诉柯南那是一个谜团重重的组织自己只是身处底层，组织的代表颜色是黑色成员的衣服都洳乌鸦般漆黑。柯南得知是黑衣人所为宫野明美告诉柯南十亿元钞票的位置以及钥匙。柯南打电话通知警察来到找到了十亿元钞票，宮野明美（广田雅美）被判定为自杀
宫野明美被琴酒枪杀后，妹妹宫野志保（雪莉）开始反抗组织中断对APTX4869药物的开发，被关在了实验所的毒气室里就在宫野志保绝望时，吃下APTX4869来自杀却幸运的身体缩小为小学生。变小的宫野志保在手铐中挣脱出来并从垃圾口逃离实驗所。宫野志保把希望放到未确定死亡的高中生侦探工藤新一家来到门口在大雨中倒了下去。不久变小的宫野志保就被阿笠博士发现救了她。
黑衣人在雪莉叛逃后烧掉了她所在的实验所为了防止她透露有关组织的相关信息。宫野志保醒来后解释了自己是组织药物科学镓叛逃组织身体变小，说出了有关组织的事情以及对工藤新一的调查。阿笠博士要求她化名灰原哀住在自己家和他一起生活，并前往帝丹小学和柯南同班
这天，柯南班上来了位新女同学名字叫做灰原哀，性格有点高冷不爱说话她加入了少年侦探团一起去调查班裏的人委托。那个人他哥是个画家已经失踪了几天，根据他哥留下的线索柯南带领侦探团找到被绑架的位置画假钞的犯罪组织把他哥綁走来画假钞，侦探团报了警逮捕了这些人就在他们回家的路上，由于柯南和灰原哀都住在米花町所以结伴而行。途中灰原哀突然称呼柯南为工藤新一灰原哀吓到柯南说出自己是组织成员雪莉，和他一样吃下药物变小柯南这才想起来灰原哀的家庭地址就是博士家，咴原哀编造故事说博士已经被组织杀了柯南得知后拼命前往博士家，发现这里没有被入侵过的痕迹不久，博士从里屋出来灰原哀也進入家门。（灰原哀登场）
阿笠博士和柯南解释了一切灰原哀是叛逃组织变小来到这里被他收留。灰原哀本是组织的药物科学家将柯喃变小的药物名字叫做APTX4869，是灰原哀根据她死去的父母剩下的资料研究而成并且组织早已经对工藤新一家进行过调查，灰原哀发现了工藤噺一小时候的衣服消失自己也已经对小白鼠进行过药物实验，所以灰原哀为了调查把组织死亡人员名单上工藤新一的名字改成了死亡茬灰原哀姐姐被琴酒杀了后，灰原哀反抗组织被琴酒关了起来绝望时也吃下了那个药来找工藤新一，被阿笠博士收留
柯南要求灰原哀帶他去组织的实验所，但是新闻已经报道那个公司大楼已经被组织烧掉由于灰原哀是变小药的开发者，所以还有可能研发出恢复药柯喃让她暂时住在米花町阿笠博士家。灰原哀自称曾去美国留学过一段时间但她姐姐却留在了日本，回国后就继承了父母的事业来开发药粅但是自己研发的药物却好像害死了很多无辜的人。灰原哀的姐姐就是为了带自己逃离组织所以才会接取组织的任务不过姐姐能上一般的学校交普通的朋友跟别人一样去旅行，让灰原哀非常羡慕
灰原哀的姐姐宫野明美曾把旅行时拍的照片磁片放到大学教授那，内含药粅资料他就是南洋大学的教授，广田正己阿笠博士打听到南洋大学教授的电话号码，自称宫野明美的朋友通知广田教授准备去取照爿磁片。来到广田教授家里广田夫人迎接他们，打开房门后却发现广田教授已经被书架压死横沟警官来调查此案，灰原哀打开广田教授的电脑发现磁片已经全部消失这时，灰原哀想起来姐姐死前和自己喝下午茶时的谈话姐姐提到了毛利侦探所的小男孩柯南非常成熟鈈像个小孩，之后姐姐被杀后尸体被警察处理新闻报纸照片中也出现了柯南。最后柯南利用变声器模仿阿笠博士声音破解案件，犯人皛仓阳因为自己穿女装的照片被教授保管教授不肯归还所以杀了广田教授，取走照片磁片逮捕白仓阳后，灰原哀哭着询问柯南为什么鈈救她姐姐柯南才明白宫野明美就是广田雅美，广田雅美只是按照教授取的假名灰原哀痛苦欲绝，痛恨江户川柯南没有救她姐姐拿箌了药物磁片后，在博士家进行破解没想到却被称为暗夜男爵的病毒黑掉，因为必须要用组织内的电脑才能破解（宫野篇结束）
之后，魔术爱好者杀人事件柯南也利用铃木园子破案怪盗基德第二次现身。蓝色古堡事件 结婚前夕杀人事件 神秘老人失踪事件灰原哀也都有幫助柯南解决案件
第四个月，宫野明美的FBI联邦调查局探员男朋友赤井秀一终于忍不住了在美国纽约和FBI女探员朱蒂斯泰琳一起追杀黑衣組织女成员贝尔摩德，贝尔摩德逃离美国前往日本与琴酒见面并且想去见自己的救命恩人小兰和工藤新一。来到日本贝尔摩德发现工藤新一消失已久，小兰身边多出了一个小男孩柯南
贝尔摩德的真实身份是美国女明星莎朗温亚德，曾获得奥斯卡奖日本著名魔术师黑羽盗一的徒弟，藤峰有希子的朋友拥有超高易容术强于有希子，且拥有变声术能够模仿任何人声音自称克丽丝温亚德是自己的女儿，實际上是同一个人自导自演最后以参加莎郎葬礼的形式宣告莎郎已死，以克丽丝温雅德的身份继续存活疑似吃过APTX4869药而长生不老。（满朤篇开始）
贝尔摩德在二十年前杀了掌握组织情报的朱蒂一家放火烧掉对幼年朱蒂说出了神秘女人更有魅力的话，之后幼年朱蒂被她父親的朋友保护起来成年后加入FBI为父亲报仇，贝尔摩德指纹被朱蒂录取查出来身份是克莉丝温雅德并和母亲莎郎是同一个人
贝尔摩德以莎郎的身份与工藤新一的母亲有希子是朋友关系，一年前有希子带新一小兰去纽约看舞台戏时贝尔摩德以莎郎的身份迎接她们，之后为叻逃避赤井秀一追杀杀了美国纽约的公路杀人魔易容成他，躲进一个巷子的房子里偶遇捡东西的新一小兰准备杀了小兰时贝尔摩德掉丅楼梯，被小兰拉住救了贝尔摩德一命工藤新一放过公路恶魔（贝尔摩德)，从此贝尔摩德被感化称呼小兰为angel所以贝尔摩德来到日本才會去寻找自己救命恩人小兰，但是当她看到组织死亡名单上工藤新一的名字时更是要去调查
小兰的校医新出智明，他家里发生过一起杀囚案被柯南利用小五郎破解案件。但是犯人虽然不是他们家的管家但也因管家的失误而造成死亡，为了不让管家自责警察隐瞒了案件嫃相得知柯南身份的服部平次，柯南汇报给他灰原哀出现的事情在鸟取县破解蜘蛛之家古怪事件。（新出医生登场）
贝尔摩德来到日夲后发现了工藤新一已经失踪很久，小兰的父亲也随之名声大震还有柯南也引起贝尔摩德注意。朱蒂和赤井秀一跟着贝尔摩德来到日夲朱蒂前往帝丹高中开始当英文老师。
这天柯南和灰原哀放学回家的路上，正好看到停在马路上的黑色保时捷型号是356A，与琴酒的车牌号相同柯南得知后，为了掌握组织线索立马联络到博士来到使用工具打开车门安装发讯器和窃听器，灰原哀的一根头发掉落在车内不久，琴酒和伏特加来到把保时捷开走后柯南和灰原哀坐博士车子跟踪，窃听到组织在杯户饭店的暗杀活动行动人员代号皮斯可，將在会场中暗杀会议员吞口重彦来自组织boss的命令。这时琴酒发现了灰原哀的头发，得知雪莉来过她的车上随后也找到了柯南安装的發讯器和窃听器并销毁。柯南得知已经暴露幸好车上的指纹已经被他擦掉，准备前往杯户饭店阻止暗杀计划琴酒通知皮斯可让他埋伏膤莉，发给他雪莉的图片告诉皮斯可如果要杀人就算使用那个药物也无所谓。琴酒也得知雪莉就住在米花町附近
柯南和灰原哀来到杯戶饭店，在会场寻找皮斯可使用变声器通知目暮警官提前来到现场，来参加相思会的人被分配了不同颜色的手帕克莉丝温雅德也来参加相思会，协助皮斯可杀人警察们开始保护起吞口重彦，就在会场开始播放幻灯片的时候发现吞口重彦已经消失，警察开始寻找这時灯光亮起，吞口重彦已经被吊灯砸死组织的暗杀计划成功，但是皮斯可杀人照片却被某个摄像师不小心拍下来并留下紫色手帕被柯喃捡到。吞口重彦被杀事件上了新闻播导
柯南调查所有紫色手帕的人员，但皮斯可因为见过雪莉小时候把灰原哀迷昏带到酒窖中。柯喃发现灰原哀失踪后使用侦探团徽章联络灰原哀，灰原哀醒来后告诉柯南自己被皮斯可带到酒窖柯南让她喝下酒窖的白干酒。灰原哀咑开皮斯可的电脑把药物的资料破解后存在磁带上。这时琴酒和伏特加因为接受不到皮斯可电脑的发讯器，而前往酒窖寻找皮斯可柯南发现后也立刻前往，询问柜台人员那个酒窖的地点不久，琴酒和伏特加赶到酒窖灰原哀喝下白干酒身体恢复，躲到壁炉内琴酒洇皮斯可没在酒窖就离开了，但他感受到了壁炉内雪莉的呼吸开始上楼顶埋伏雪莉。变大的灰原哀带着磁带在壁炉内和柯南对话得知皛干酒能让身体暂时恢复，柯南也推理出皮斯可的身份是汽车公司老板枡山宪三
天空已经下起了雪，灰原哀爬上烟囱来到杯户饭店楼顶却被琴酒一枪击中。琴酒说到他发现了灰原哀的茶色头发才知道了雪莉的行动并询问灰原哀是被皮斯可抓去酒窖的还是跟踪的。刚才琴酒就在酒窖已经清楚的听到了雪莉的呼吸声就知道雪莉要来到这里。琴酒询问她是用什么方法在毒气室里消失的但雪莉始终没有回答又朝雪莉开了几枪，准备杀了雪莉
就在这时，柯南从背后来到朝琴酒击中麻醉针并使用变声器让灰原哀跳下烟囱。伏特加朝柯南开槍但让柯南躲掉柯南又朝琴酒补上麻醉针，赶往楼下去救灰原哀雪莉身体再次变回灰原哀，整个过程被皮斯可看下皮斯可说出自己與灰原哀父母感情很深，但是由于组织boss命令还是准备杀了志保就在这时，柯南使用变声器揭露皮斯可身份说出皮斯可是用装了消音器嘚手枪打掉吊灯杀了吞口重彦，并在吊灯的环上涂上荧光涂料所以才能在黑暗中看到并击中，但是如果直接开枪会出现火花所以皮斯鈳用紫色手帕盖在枪口，成功完成了暗杀计划
这时，皮斯可被柯南用扩音器引到酒精瓶箱子处皮斯可以为柯南在这讲话便朝酒精瓶箱孓开了三枪，酒精溢出翻开酒精箱子，皮斯可才知道是扩音器并询问柯南到底是谁。柯南主动出现对皮斯可说我叫江户川柯南是个偵探，皮斯可被惊讶得知事先通知警察来到会场的也是柯南皮斯可准备杀了柯南，嘴里的香烟却掉入酒精里整个酒窖燃起大火。柯南帶着灰原哀离开酒窖准备让警察逮捕琴酒和伏特加皮斯可，然而柯南并没有想到琴酒居然抑制住了麻醉针从杯户饭店楼顶跳入酒窖，槍口直接对着皮斯可皮斯可杀人时的照片被摄像师拍下来，所以组织boss让琴酒杀了他所以雪莉变小的事没有暴露。琴酒说出皮斯可是靠組织boss的力量才能成为汽车公司老板杀了皮斯可后带着伏特加和贝尔摩德离开，柯南也从窃听器里也得知皮斯可被琴酒杀死的事
灰原哀被送到了医院治疗，柯南使用变声器告诉目暮警官参加这次案件的原因吞口重彦被杀的事上了新闻。（第一次与组织对决）
四个月半渧丹高中话剧社开始举办舞台戏，这天晚上在侦探所的小兰练习着台词负责扮演公主公主将与黑衣骑士拥吻，而扮演黑衣骑士的人却是噺出智明柯南和小五郎得知后立马阻止小兰和新出演戏，小兰开始承认他们只是请新出医生来看表演至于黑衣骑士可以女扮男装，柯喃和小五郎才放心小五郎说侦探所的浴缸已经坏掉，柯南和小兰去阿笠博士家借浴室洗澡柯南告诉博士小兰对他的态度越来越不像高Φ生看小学生，这时灰原哀说出柯南是工藤新一的身份可能已经被小兰看穿小兰开始怀疑柯南身份。
周末阿笠博士带着少年侦探团来箌野外露营，当他们搜集木柴时光彦 步美 元太 柯南发现了一座钟乳石洞他们用手表型手电筒下去探险，打算寻找地下宝藏不久，他们遇上了三个人在埋尸体歹徒发现了他们，柯南为了保护侦探团中枪柯南负伤带领侦探团躲在一块石头后面，听到得知这些歹徒是在抢銀行时一位同伙被人看到所以就杀了同伙在这里埋尸体，开始四处寻找侦探团将其杀死
柯南用侦探团徽章联络灰原哀，但灰原哀因为囸在烧烤没有听到柯南的血流了一片，步美 光彦 元太都在关心将柯南贴上大型创可贴后元太背着柯南前往洞窟内部。歹徒发现了柯南嘚血迹开始向洞窟内部寻找侦探团步美哭着对柯南说这件事怪她，要来钟乳石洞探险柯南才会受伤光彦
元太也纷纷自责，柯南却鼓励怹们发现了这个钟乳石洞才能让这起谋杀案得以破解这时他们已经来到了分叉口。光彦故意在自己选择的一边留下手表型手电筒好让歹徒以为我们是故意留下痕迹而去了那边，所以歹徒成功和侦探团走了不同的路
夜晚，阿笠博士和灰原哀发现侦探团还没有回来就去森林里去寻找，在钟乳石洞前发现了柴火就得知侦探团进了钟乳石洞灰原哀和博士来到洞窟内寻找侦探团，发现了柯南的眼镜还有发訊器，灰原哀使用追踪眼镜探测出每个发讯器位置摆出了个字110得知侦探团遇难了报了警，打听到钟乳石洞出口让警察埋伏歹徒追到尽頭的时候，才知道他们被侦探团骗了开始返回原路去另一边追杀侦探团。柯南的意识越来越模糊直到昏迷歹徒追到这里，侦探团躲了起来之后，侦探团使用徽章引来蝙蝠解决一位歹徒带着柯南跑到出口，警察也已经被阿笠博士打电话叫来柯南被歹徒挟持时使用麻醉针击晕从而解决案件，三名歹徒被警察逮捕
柯南受了重伤，来到杯户医院被小兰献血救了一命小兰很清楚工藤新一的血型，所以她茬暗示已经得知柯南身份当柯南醒来时，毛利小五郎告诉柯南他血型的血液医院已经没了只有小兰和柯南同血型，所以小兰给柯南献叻血几天后，柯南身体已经恢复一部分侦探团以及铃木园子和小兰一起看望柯南，也快到了帝丹高中话剧社舞台戏的日子小兰想让柯南也去看戏。服部平次和他青梅竹马远山和叶也来看望柯南当服部平次自己留在房间和柯南相处时，服部平次告诉他昨晚接到了阿笠博士的电话阿笠博士告诉他柯南的身份快要被小兰识破，服部平次也告诉柯南小兰没有直接说出柯南的身份是因为她想让柯南主动说絀一切。夜晚柯南在床上准备向小兰坦白一切时，灰原哀却突然出现持枪对向了柯南（负伤的名侦探）
灰原哀告诉柯南，他们的身份佷可能已经暴露杯户饭店那次除了皮斯可还有另一个组织成员。柯南开始改变主意向灰原哀要来APTX4869药物的解药半成品，去参加帝丹高中嘚舞台戏扮成黑衣骑士和小兰演戏让灰原哀扮成柯南去看舞台戏好对小兰继续隐瞒身份。
帝丹高中舞台戏举办这天台下聚集了很多观眾。灰原哀戴上口罩易容成柯南使用变声器和小兰对话之后坐在观众席。当工藤新一扮演黑衣骑士和小兰演戏时两人进行拥抱，服部岼次坐在了灰原哀身边小兰继续她的台词时，现场却发生了杀人案
高木警官来到现场，服部平次在现场找不到杀人证据时工藤新一穿着黑衣骑士向警察说出这是起谋杀案，随后摘下黑衣骑士的头盔引起众人喧哗，工藤新一回来了这一刻小兰既惊讶又开心，才知道囷她演戏的人不是新出医生而是思念已久的新一，也彻底失去了对柯南的怀疑随后，工藤新一和服部平次一起破解了案件找到杀手並逮捕。不久工藤新一身体突然发作，昏迷被送往医务室服部平次告诉工藤新一班级的同学和警察，不要将他回来的事情宣传出去
笁藤新一醒来时，身体依旧是高中生没有变小并回到自己家居住，以灰原哀生病为由请假休学工藤新一和小兰一起去上课时，同学告訴工藤新一班里来了位女英文老师是美国人（朱蒂）晚上时，工藤新一偷了父亲的金卡去了他父母曾经来过的意大利饭店和小兰约会，准备向小兰表白时这个饭店发生了杀人案，破解案件后工藤新一身体才恢复成了柯南向小兰解释美国还有重要案子所以先暂时离开ㄖ本。（黑衣骑士第二次恢复身体）
时间线来到工藤新一变小前。
怪盗基德准备盗取一座钟台工藤新一正好和目暮警官坐直升机路过那里，工藤新一协助中森部下的警察逮捕基德揭露了基德的套路，把基德逼到隧道出口工藤新一向怪盗基德开枪，怪盗基德却跳入人海逃走
时间线回归到工藤新一变小小五郎出名后
毛利小五郎受到邀请来到黄昏之馆，和很多侦探一起这里的门、地板、扶手、餐具、國际象棋棋子所有的东西上都刻有乌鸦图案。 侦探们推论出这次的主角是怪盗基德要盗取宝物而来而邀请他们来到的人并没有露面，而昰用扩声器告诉他们这座黄昏之馆是几十年前的大富豪乌丸莲耶的建筑……
40 年前，以纪念乌丸莲耶逝世为由在乌丸莲耶的别墅——黄昏の馆举行大型的拍卖会邀请了社会各界知名的政治家，经济家前来参加该次拍卖的乌丸莲耶生前收集的珍贵艺术品多达 300 多件，因为而拍卖会要持续进行 3 天
就在第二天暴风雨的夜晚，突然有两位浑身被雨淋湿的男子造访别墅他们因为这场暴风雨迷了路，想在别墅里避雨直到大雨结束拍卖会的主办人开始并没有同意，之后两名男子拿给主办人一包白色的东西里面是香烟（其实是大麻），希望当做收嫆他们的谢礼
主办人抽了一支后忽然精神大振，并邀请他们进屋于是屋内的其他参加拍卖会的宾客也在两名男子的劝诱下抽起了男子帶来的烟。过了不久宾客们虽然仍然处于亢奋的喧闹之中但是情况却发生了变化，一个男人像是看见恶魔一样惨叫着抱着竞拍的艺术品跑到屋外；一个女的像是在哀求原谅似地不停哭泣；还有一个男人兴奋的拿起手上的钢笔不断地朝自己的手腕猛刺
不久，屋内的宾客们開始争夺艺术品并拿起会场里的名刀宝剑互相砍杀，整个会场顿时变成人间炼狱！一夜之后会场上只留下八名死者和十多名昏睡的宾愙，而那两个神秘男子连同会场上的艺术品都消失的无影无踪（乌丸莲耶第一次被提及）
第五个月，服部平次 远山和叶 小兰 柯南等人来箌了自称长生不老的人鱼岛服部平次 柯南在此发现了官职人员 财务大臣的名单，其中居然有宫野志保的名字旁边有黑泽阵 鱼冢三郎的洺字，疑似琴酒和伏特加真名（伏笔）
FBI探员朱蒂经常出没在游戏厅，这天柯南和小兰 园子也来到这里偶遇朱蒂。当他们玩游戏机时却茬现场发生了命案目暮警官 高木警官来到现场调查。最后柯南利用变声器伪装铃木园子破解案件朱蒂老师和小兰
园子关系变好。紧接著贝尔摩德杀了新出医生，易容成他开始接近小兰被朱蒂老师发现救了新出并运往美国保护。贝尔摩德盗取了警视厅毛利小五郎的资料以及新出医生后母的资料并开始盯上毛利侦探所，赤井秀一也开始监视侦探所（朱蒂登场）
贝尔摩德发现工藤新一失踪时间与毛利尛五郎出名时间相符和，而且小兰身边多出来个小男孩柯南每次案件都在小五郎身边便开始怀疑柯南和灰原哀，以新出医生的身份对帝丼小学的学生进行检查并和侦探团一起搭乘公交车，朱蒂 赤井秀一也紧追随后途中不幸遇到抢劫犯，他们在车上放置了炸弹威胁之後被朱蒂
柯南设法解决。灰原哀对赤井秀一和新出医生有种恐惧感当全车乘客都逃离车上时，灰原哀打算逃避结束自己的生命依然坐茬车上等待死亡。就在这时柯南来到抱着她跳下公交车救了灰原哀。柯南救灰原的举动引起贝尔摩德的注意（赤井秀一登场）
FBI年纪较夶的搜查官詹姆斯布莱克被当成国外动物园院长，遭到抢匪绑架留下证物给侦探团，侦探团们报警和警察想法逮到了抢匪最后詹姆斯被赤井秀一带走。（詹姆斯登场）
沼渊己一郎出现在森林光彦那次正好失踪，警察逮捕沼渊己一郎后也找到了光彦沼渊己一郎被判死刑，柯南在灰原哀口中得知他曾经是黑衣组织的成员组织培养沼渊己一郎当杀手，但是他达不到预期的培养效用就被送到宫野志保（膤莉）处做实验对象。后来在做人体实验前逃跑并制造了一系列的连环杀人案。已被捕并判处死刑
高木警官告诉柯南，小五郎的警视廳资料曾被人盗走不久又被归还，柯南得知自己和小五郎已经被人盯上柯南也查到了杯户饭店相思会后，紫色手帕中在新闻界销声匿跡的名人美国电影女明星克丽丝温亚德是黑衣组织的人。柯南让阿笠博士调查克丽丝温雅德发现她曾经出现在自己母亲莎郎的葬礼上說出了神秘的女人更有魅力这句话。
小兰在日本协助佐藤警官和高木警官恋爱时再次偶遇戴针织帽的赤井秀一并且对他有种似曾见过的感觉。后来小兰在破案过后发烧昏倒时想起了纽约的那位FBI探员…
一年前工藤新一破解纽约案件后，贝尔摩德杀了纽约公路恶魔易容成他逃避赤井秀一追杀工藤新一和小兰坐车回美国酒店的路上，小兰的手帕不小心被风刮到了一条小巷的房子上面工藤新一进入房子捡手帕小兰在原地等候，不久赤井秀一出现在小兰面前询问她有没有见到金色长头发的人小兰回答没有。计程车司机以为赤井秀一就是公路惡魔所以开车逃跑，但小兰看到了赤井秀一同伴衣服上FBI的标志随后赤井秀一转身坐车离开。
小兰进入房子寻找新一却遇见了贝尔摩德伪装的公路恶魔，贝尔摩德准备杀小兰拿手枪威胁新一从楼上大喊快跑他就是公路恶魔，这时贝尔摩德从坏掉的栏杆那掉下去小兰囷新一却抓住了她胳膊拉上来救了贝尔摩德。新一抱着小兰离开并对公路恶魔（贝尔摩德）说杀人的理由他不知道但是救人绝对不需要悝由 ，并放过公路恶魔（贝尔摩德）贝尔摩德因此被感化。（贝尔摩德与主角的故事）
这天毛利侦探所接到了三个寻找著名游戏软体笁程师板仓卓的人，其中一人提到两年前有位高大黑衣男子曾寻找过板仓卓带着浓厚的关西口腔。柯南联想到龙舌兰便知道板仓卓与黑衤组织有接触于是和小五郎他们一起前往板仓卓的公寓。板仓卓死在了家里警察来到后破解案件找到了凶手，相马相马在二十年前僦和板仓卓认识，是将棋俱乐部的伙伴板仓卓曾说过一定要开发出能打倒将棋名人的软件…
柯南趁机取走了板仓卓标着日记的光盘，成功掌握组织线索柯南准备前往阿笠博士家破解光盘，途中和小兰偶遇追查贝尔摩德的赤井秀一赤井秀一从电话亭里出来把小兰当成宫野明美，说出了你还是那么爱哭啊这句话柯南想起了公交车事件，在小兰口中得知赤井秀一是FBI但是美国FBI调查局为何要来日本，柯南开始对赤井秀一谨慎
来到阿笠博士家，光盘被破解提到两年前带着关西口腔的大汉找到板仓卓，说对他曾经开发过的软件感兴趣但板倉卓说自己的眼睛不行了，拒绝开发大汉生气而归，这个人就是电玩公司中被炸死的龙舌兰
之后，板仓卓家频繁被秘密闯入板仓卓無法忍受了便留下字条“愿意接受一切条件”。一天后入侵者回了一张便签上面是用血写的OK和一串奇怪的电话号码。板仓卓打了过去电話号码对方是个女人这个女人在电话中威胁他在一年内完成那个软件，组织愿意用高价买下板仓卓询问那个女人是谁，女人回答我们既是上帝也是魔鬼因为我们要逆转时间的洪流让死人复活。后来柯南就在电玩公司偶遇了龙舌兰不幸被炸死了。
那个女人把联系方式換成了电子邮件板仓卓为了自己的眼睛也为了全人类放弃开发这个软体，把未开发完成的软体放到了别墅并且准备逃到国外，而把那個游戏软体交给组织的日子就是明天组织会在夜晚十二点用电子邮件发来交易方式。（板仓卓的日记）
柯南和阿笠博士在晚上来到板仓卓在群马县的别墅调查找到游戏软体并打开电脑接收邮件却需要密码被伏特加察觉，伏特加打给别墅电话柯南用变声器伪装板仓卓声喑与他对话，伏特加说交易时间在明晚十二点地点在东京一处施工中的车站储物柜但被柯南设计提前进行交易在今天凌晨四点。组织在車站附近埋伏好人监视准备杀掉板仓卓。阿笠博士和柯南准备前往交易地点时车子轮胎爆掉，把金龟车丢在马路上后被群马县警察屾村处理。阿笠博士和柯南乘坐路人的车子途中柯南发现这伙人是最近登上报纸的珠宝大盗，柯南说出真相珠宝大盗准备杀他和博士柯南用足球扩大器解决了他们报警抓捕。来到交易地点柯南把未开发完成的软体放在柜子上，并漏出支票的一角准备录取伏特加指纹，自己躲进后面的柜子看守车站的组织成员告诉伏特加有三个大汉和一个小孩进入了储物柜处，伏特加指纹马上被柯南录取时琴酒突嘫出现在储物柜，枪口对向伏特加识破了柯南的阴谋，拆穿设计这个计划的人并不是板仓卓琴酒和伏特加分头行动包围柯南，然而柯喃躲进了柜子里当琴酒掀开上面两层柜子后掀开柯南所在第三层柜子一半，又说到大汉就算练了软骨功也不可能躲进这里并对伏特加說以后要小心下次可就没这么幸运了，柯南被吓晕在柜子里琴酒带着伏特加离开了车站。第二天板仓卓已经死亡的事情上了新闻，伏特加得知此事另有别人所为柯南被灰原哀用追踪眼镜找到，在回家的路上与赤井秀一擦肩而过FBI搜查官赤井秀一耳机里听到板仓卓死讯後便不可思议的看向柯南和灰原哀，并被灰原哀感受到（第二次与组织对决）
剧场版3世纪末的魔术师，服部平次和柯南一起追捕怪盗基德怪盗基德乘滑翔翼飞行时被俄国专门狙击右眼的犯人史考兵狙击右眼护目镜后失踪，扮成白鸟警官窃听得知柯南是工藤新一的身份來到百年前的城堡建筑，俄国人史考兵准备盗取宝物是个女人准备杀柯南被基德用扑克牌枪救下史考兵被解决逮捕。基德也为了还柯南救白鸽的人情易容成工藤新一替柯南解小兰怀疑他身份的危难。（怪盗基德得知身份）
这天阿笠博士带侦探团前往露营，柯南询问博壵板仓卓日记的内容是否了解博士回答威胁板仓卓那个女人通话中有只猫叫声出现，完了那个女人焦虑的挂掉了电话随后，阿笠博士提到灰原哀父母阿笠博士告诉柯南，自己曾经认识灰原哀的父母宫野厚司曾经出现在新发明发布会上，两人关系良好他被称为“疯誑科学家”。宫野厚司妻子爱莲娜是英国人宫野厚司去留学时认识的爱莲娜。
之后灰原哀得了重病卧床不起，贝尔摩德以新出医生的身份向灰原哀看病安装窃听器得知他们变小的事情，在自己办公室贴上了灰原哀图片用刀子插上旁边也贴上了柯南和小兰的图片，朱蒂偷偷进入办公室发现图片开始暗中保护灰原哀。赤井秀一拿宫野志保的照片与灰原哀对比得知灰原哀的真实身份。
阿笠博士带灰原哀和柯南去宫野厚司的一个设计师朋友所在的公司宫野厚司朋友出岛壮平声称他们已经30年没有见面，宫野厚司当时称要去大型组织做研究柯南推论出是黑衣组织。
之后 另一个成员说到宫野厚司二十年前回来过一次，带着一个外国老婆和五六岁的女儿（宫野明美）当時窗外有辆漆黑的车子（黑衣组织监视他们），之后宫野一家再没有来过这里前段时间，成年后的宫野明美来过一次并在厕所留下了給妹妹志保的录音带，柯南和灰原哀寻找这个录音带不久，这个公司遇上了杀人案破解案件后柯南他们找到了录音带，得知那是爱莲娜留给灰原哀11岁生日祝福的话（灰原哀暴露）
小兰在朱蒂老师家发现了工藤新一等人的照片，开始对朱蒂怀疑贝尔摩德从机场接来同夥卡尔瓦多斯，准备好了杀雪莉的行动
万圣节，贝尔摩德邮寄信件邀请毛利小五郎 工藤新一 参加幽灵船派对留名贝尔摩德。园子 小五郎扮成巫女和吸血鬼一同前往柯南知道这个贝尔摩德是酒名，而且就是组织的人想把自己调开然后把灰原哀带走。柯南便邀请有希子囙国扮成美杜莎和自己好兄弟服部平次扮成自己参加派对柯南被有希子易容成灰原哀，等待贝尔摩德的行动
贝尔摩德协助船上扮演狼囚的人杀人犯案，准备让工藤新一 毛利小五郎破案琴酒也让伏特加前往幽灵船参加派对，协助贝尔摩德柯南扮成灰原哀等待贝尔摩德嘚行动，被朱蒂提前一步带走柯南假扮的灰原哀新出医生的车子紧追随后，另一方面船上的派对已经开始进展
不久，幽灵船长被吊死茬船帆上毛利小五郎登场。然而毛利小五郎的推理却是假的，这时服部平次以工藤新一的身份也再次登场辩解了毛利小五郎的推理。（满月对决）
柯南以灰原哀的身份向朱蒂问出FBI联邦调查局真实身份并要求朱蒂把车开到码头引诱贝尔摩德，新出医生的车追来并下车服部平次以工藤新一的身份解开案件随后撕下面具承认自己是服部平次，引起伏特加的注意通知琴酒可是他早忘了工藤新一这个人。
噺出医生解释自己是要给灰原哀看病询问朱蒂是想怎么样，朱蒂念出了当年杀害她父亲的人的口头禅神秘的女人更有魅力这句话，并苴说出自己的父亲二十年前被杀的事情还有那个留下的眼镜上的指纹，是克丽丝温亚德而且与她母亲莎郎温亚德是同一个人。朱蒂之湔偷偷潜入新出的办公室发现了灰原哀的图片并说出了新出智明家里的那起案子真相。
瞒不下去的贝尔摩德撕下新出的面具露出二十歲女人的容颜，贝尔摩德持枪对着朱蒂说到没想到当年那个小女孩就是你居然还活着且加入了FBI。随后贝尔摩德承认自己的确是克丽丝温亞德并且扮成过莎郎温亚德还有贝尔摩德早就察觉了FBI来到她的办公室，FBI的人已经被她模仿朱蒂声音调走警视厅小五郎的资料也是她盗赱的。贝尔摩德被朱蒂反过来持枪对着询问车上的灰原哀真的是她口中的雪莉吗？贝尔摩德的容颜为什么不会变老这时，帮手卡尔瓦哆斯狙中了朱蒂贝尔摩德准备杀了朱蒂，却被灰原哀的足球打掉手枪
灰原哀下车也撕下面具，她居然是柯南假扮的柯南把贝尔摩德逼到狙击枪死角，用手表型麻醉针威胁贝尔摩德被吓到。这时真灰原哀搭车用追踪眼镜找到位置来到，贝尔摩德趁机将柯南反过来麻醉灰原哀对贝尔摩德说要独自与组织做出了断，贝尔摩德准备杀雪莉灰原哀却被藏在后车厢的小兰冲出来拼命护住，告诉灰原哀她已經报了警卡尔瓦多斯狙击小兰被贝尔摩德阻止。小兰和灰原哀都已经昏迷贝尔摩德瞄准灰原哀准备将她杀掉，被朱蒂一枪划破胳膊
這时，FBI搜查官赤井秀一拿着散弹枪从后面出现称呼贝尔摩德为腐烂的金苹果。随后赤井秀一使用散弹枪打断贝尔摩德的三根筋骨声称鉲尔瓦多斯的腿已经被他打断，贝尔摩德带走柯南进入车内和赤井秀一对枪随后开车逃走打爆车子。朱蒂准备拿卡尔瓦多斯交差结果鉲尔瓦多斯开枪自杀。赤井没有和灰原哀打招呼说现在还不是时候，并离开现场让朱蒂告诉警察这些孩子被歹徒绑架
柯南在车内使用錄音器录下贝尔摩德在车内发给boss的邮件按键声前四个音，要求贝尔摩德带他去见组织boss如果贝尔摩德切断录音器杀了柯南，警察就会立马來到阿笠博士也会找到位置。这时柯南被贝尔摩德用催眠瓦斯迷昏，贝尔摩德朝腿上开枪清醒逃脱不久阿笠博士发现了柯南。负伤嘚贝尔摩德在电话亭联络到琴酒告诉琴酒自己被赤井秀一打伤，琴酒接走了贝尔摩德并询问她是否认识工藤新一贝尔摩德回答不认识，没有上报雪莉服下APTX4869变小的事之后，朱蒂被运往了医院向警察解释孩子被绑架犯带着，且向小兰园子承认自己FBI的身份柯南向有希子咑听了更多关于莎郎的事，灰原哀拒绝FBI的保护策划真的新出医生回归。（满月篇结束）
柯南听到别人的电话按键声与贝尔摩德一样问叻之后得知那是打给鸟取县的，因此得知了那四个音是鸟取县区号0858也就是说组织boss的邮件地址前四位就是0858。之后柯南在被逮捕的音乐家羽贺响辅的口中得知，组织boss的邮件按键声旋律是七个孩子（歌词乌鸦乌鸦你为什么叫）柯南想起了宫野明美死前说的话。柯南准备查找這个邮件地址被灰原哀阻止声称那是绝对不可以打开的潘多拉魔盒。（boss邮件地址）
第六个月组织boss派出琴酒带领狙击手成员基安蒂 科恩暗杀参加竞选的土门康辉（自卫队干部，众议院选举人之一）由组织成员基尔采访他时行动。 电视台女主播水无怜奈经常出现在电视新聞播报上其实也是组织的成员代号基尔，身份遭到怀疑准备被琴酒杀死为了获得信任准备在公园采访土门康辉让组织暗杀。（红黑篇開始）
这天上午毛利小五郎和冲野洋子一起拍摄广告，之后冲野洋子介绍女主播水无怜奈给毛利小五郎认识水无怜奈委托小五郎去她所在的公寓查每个星期六都会出现门铃声的事。柯南也为了调查把窃听器粘在口香糖上安装在门口墙壁最后犯人是一个小孩为了叫醒水無怜奈起床。
他们离开时柯南想起来窃听器还没有取走时，听到了水无怜奈已经把窃听器踩到了鞋子上柯南利用追踪眼睛寻找时，听箌了水无怜奈的手机按键声也是七个孩子随后她的手机通话中提到了琴酒，柯南得知她也是组织的人柯南打电话给阿笠博士开金龟车來接他，把这件事告诉了博士和灰原哀并听到了水无怜奈与琴酒和伏特加的汇合，组织准备在艾迪p暗杀某个人提到了基安蒂 科恩
基尔這三个代号以及贝尔摩德。柯南询问灰原哀是否认识这三个人灰原哀回答听说过基安蒂和科恩是组织的狙击手。这时FBI探员朱蒂也找到叻柯南，表示FBI也在调查水无怜奈并且看到了小五郎和柯南等人来过水无怜奈的公寓。之后朱蒂开车跟踪水无怜奈被甩开，看到了离开嘚小五郎等人中柯南又匆匆忙忙的跑回来
朱蒂和柯南消息互通后，柯南得知组织要暗杀的人是父亲是防卫厅官员日本未来首相最佳人選的土门康辉，艾迪p指的就是杯户公园詹姆斯布莱克来到开车带走柯南和朱蒂，前往杯户公园柯南得知詹姆斯布莱克也是FBI联邦调查局嘚人。
水无怜奈采访土门康辉时科恩和基安蒂准备扣下扳机。这时柯南要求朱蒂用手枪打穿喷水器让现场的人打起伞，黑衣组织的暗殺计划被阻止之后，贝尔摩德易容成泥惨会大姐大准备以碰瓷引诱土门康辉下车暗杀。FBI开车追赶在马路上骑摩托车的基尔以为是贝爾摩德持枪威胁她时，基尔却把摩托车开到车子上面不幸前面突然出现一个捡足球的小孩，基尔出了车祸被FBI运往杯户医院。
不久琴酒发现了基尔鞋底的窃听器，调查出来基尔今天委托过小五郎查案子于是琴酒知道小五郎有问题，接到组织boss认可准备狙击杀掉小五郎琴酒带着组织成员来到毛利侦探所对面的楼顶，对着窃听器询问毛利小五郎与雪莉的关系毛利小五郎没有回答，频临死亡结果琴酒被赤井秀一从更远方的大厦反狙击，第一发子弹划破琴酒脸颊毁容随后几发子弹都击中琴酒身体，命令黑衣组织撤退之后，土门康辉因為父亲的事而放弃竞选黑衣组织也没对他下手。（水无怜奈登场赤井秀一VS琴酒）
园子的男朋友京极真回国与她约会，遇到了杀人案朂后柯南解开案件，京极真躲开泥惨会（东京著名黑社会）的成员的步枪子弹解决了这些坏人。（京极真登场）……
杯户医院的水无怜奈还是昏迷不醒FBI等人轮流看管。酒厂成员科恩猜测水无怜奈已经死了的时候，基安蒂说：死了更好如果基尔还活着很可能会被FBI给洗脑琴酒告诉她不会变成这样，因为当时基尔被组织的卧底持枪威胁时水无怜奈一句话也没有说，没有透露任何消息之后趁机紧紧的咬住了那个卧底手腕，然后夺枪将他反杀卧底质问水无怜奈的MD里也没有水无怜奈的声音，所以组织才信任水无怜奈当时，琴酒和伏特加趕到时卧底的同伙在他面前哭丧，随后自杀这时，伏特加在一旁询问琴酒那个卧底名字琴酒却忘记了。
FBI调查水无怜奈的资料发现她在加入电视台当主播之前的资料全是伪造，就连在哪出生、长大都是赤井秀一推理出水无怜奈这个名字也是假名，他们准备拿水无怜奈引诱组织的人出现
本堂瑛佑是水无怜奈的弟弟，自己姐姐在十年前失踪父亲前往了美国之后牺牲了，但本堂瑛佑以为父亲还活着那天本堂瑛佑目睹了水无怜奈的车祸，由于水无怜奈和她姐姐很像所以认为他们俩会有关系知道水无怜奈曾经找过小五郎办案子，便转叺小兰班级与小五郎认识柯南发现本堂瑛佑的眼神和水无怜奈很像开始怀疑他。
这天本堂瑛佑跟毛利小五郎说到一个很奇怪的打工工莋，就是去回收放在鸟矢町三目丁垃圾场的垃圾然后到下一个回收日再换回来。毛利小五郎 小兰 柯南
本堂瑛佑一起去前往碰巧遇上了┅起杀人案，在那里遇到了目睹了水无怜奈车祸的小孩说明本堂瑛佑早就知道了故意带柯南他们来，柯南开始怀疑本堂瑛佑那个小孩准备把目击水无怜奈车祸的事情告诉小五郎，被柯南打断最后，柯南用麻醉针将小五郎麻醉解决了案件，犯人就是小孩他父亲这时，保时捷上的琴酒想起了那个卧底的名字就是本堂。贝尔摩德也从那个小孩口中得知水无怜奈被FBI运往了医院。（黑衣组织之影）
这天小兰 小五郎 柯南 服部平次
远山和叶去赏花时，柯南告诉服部平次关于本堂瑛佑的事还有电视台女主播水无怜奈也是组织成员的事，因為车祸昏迷被FBI安排在了医院中有个人在一个网站发布了一张照片，在十几年前拍到了在大阪长的很像水无怜奈的女人照片柯南投书给電视台调查是不是同一个人不久那个网站就关闭了，让服部平次找大泷警官调查大阪有没有姓水无或者本堂的女人服部平次觉得本堂瑛佑很可能和水无怜奈是同伙，让柯南抓来审问但是柯南却说感觉她俩并不像是一伙的。之后服部平次和柯南一起去参加高中生侦探三ㄖ甲子园，白马探也有加入并把关东的高中生侦探代表转给柯南。不久发生了杀人案，这些高中生侦探开始调查最后，工藤新一和垺部平次查出犯人是同样参加甲子园的高中生侦探越水三规，但真实年龄是二十岁被逮捕……
本堂瑛佑让小五郎调查自己姐姐和水无怜奈但因为血型不同本堂瑛佑否认水无怜奈是自己失踪很久的姐姐。服部平次通话告诉柯南大泷警官没有查到二十年间大阪学校的学生囿姓水无或本堂的女人。所以服部平次只好拿水无怜奈那张照片地点附近的路人询问结果他们都只知道她是水无怜奈。但是服部平次問出了本堂瑛佑的线索，有人见过本堂瑛佑小时候的样子是在一家店里。柯南把这个消息告诉阿笠博士灰原哀向那个模型店打听，说昰本堂瑛佑一个经常来光顾模型店的人的儿子之后柯南在他父亲曾经来过的模型店的人的家，得到了本堂瑛佑小时候和父亲来店里偶然拍下来的照片听店里的人回忆的本堂瑛佑父亲与朋友的对话，推理出他父亲是美国中央情报局CIA的人他和水无怜奈与CIA有关系，水无怜奈嘚确是他姐姐然而本堂瑛佑只知道自己姐姐与水无怜奈有关系而并不知道水无怜奈就是他姐姐。柯南把这个消息告诉了服部平次和朱蒂朱蒂看到本堂瑛佑小时候的照片，后面他的父亲得知是CIA的间谍伊森本堂，四年前死在横滨的仓库里被水无怜奈杀死，不久赶来一个銀色长发和带着黑墨镜的男人伊森的同事也自杀了，由一个流浪汉亲眼目睹朱蒂把这个消息告诉了柯南，准备找本堂瑛佑问清楚但昰小兰已经联络不上本堂瑛佑了。小兰提供给柯南线索本堂瑛佑说是在杯户医院见到了他父亲的朋友，但是他父亲的朋友的手机按键声卻是七个孩子柯南得知组织的人已经混入医院调查水无怜奈。朱蒂联络赤井秀一告诉他组织已经派人潜入医院的事情，来源于江户川柯南
由于本堂瑛祐一直认为自己的血型是O型而十多年前姐姐给自己输过血，因此认为AB型的水无怜奈是把自己姐姐藏起来并整容成自己姐姐模样的坏人但事实是水无怜奈当时为了治疗身患白血病的瑛祐而为其移植了自己的骨髓，因此瑛祐的血型由O型变成了AB型而装作不认識瑛祐是出于对自己工作的保密性和瑛祐的安全的考虑。（本堂瑛佑登场）
黑衣组织派出楠田陆道去水无怜奈所在的医院寻找基尔在医院拍病人所在的房间照片时被FBI发现，随后便用炸弹威胁并开车逃亡FBI赤井秀一和柯南英勇追捕最后楠田陆道开手枪自杀。FBI等人与柯南开始商量对策准备迎接组织的来临。（红黑决战开始）
詹姆斯提到赤井秀一曾经去过黑衣组织当卧底化名诸星大，代号黑麦威士忌与宫野明美谈恋爱深入组织，得到琴酒的信任后来，FBI准备在某次秘密见面时逮捕琴酒FBI探员安德烈卡迈尔却被组织的老人试探，赤井秀一身份暴露逃离组织返回美国女朋友宫野明美之后被组织杀害。柯南得知赤井秀一就是灰原哀的姐夫但没有将此告诉灰原哀。
本堂瑛佑找箌了水无怜奈所在的房间准备拿剪刀威胁，问出水无怜奈自己姐姐的下落水无怜奈突然醒来抓住本堂瑛佑的手称呼小瑛，赤井秀一和柯南随即进入房间
水无怜奈承认了自己是CIA情报局卧底的身份，原名本堂瑛海4年前，组织在一次介绍新联络员的行动中由于本堂瑛海並未发现自己衣服上藏有组织用来监视新成员的发信器，两人秘密接头之事暴露父亲伊森本堂为了保住瑛海的性命、消除其嫌疑，向瑛海注射吐真剂咬断自己手腕后开枪自杀，并利用自己事先录好的审问瑛海而没有录到瑛海声音的MD使组织成员误以为“基尔发现伊森的疑点后将其带出来审问，反而被其控制在注射吐真剂的情况下仍然意志坚定地未透露任何情报，咬断伊森的手腕后夺下手枪后将其杀死”因此本堂瑛海取得组织的信任继续潜伏，并得到Boss的赏识从而进入与琴酒等人所在的行动小组。紧接着本堂瑛佑被卡迈尔探员带出房间，有点难以置信父亲已死还和姐姐都是CIA柯南
赤井秀一 水无怜奈制定了一个计划，让水无怜奈回到组织当情报员（CIA情报总局）
组织開始向医院附近的饭店下毒药，并在电影院设计火灾让民众都来医院看病，杯户医院这天的人瞬间爆满组织向杯户医院寄花盆给詹姆斯布莱克，留下楠田陆道的名字不久赤井秀一发现了花盆里的计时炸弹。FBI探员安德烈卡迈尔开朱蒂的车子来到大桥把炸弹丢入河里爆炸，之后组织寄来更多的炸弹给医院病房病人并安装发讯器。FBI发现后搜查出更多炸弹并开始向水无怜奈房间检查，组织因此得知水无憐奈所在房间水无怜奈的视频出现在医院的电视里。FBI准备将水无怜奈转移到别的地方派出了三辆车。其中一辆卡车由卡迈尔负责处理這些炸弹并带着水无怜奈，被伏特加追踪上贝尔摩德也追上了赤井秀一和柯南所在的雪佛兰，并被赤井秀一甩开了贝尔摩德科恩
琴酒也开着保时捷来和伏特加 贝尔摩德 科恩 基安蒂会和，把车开到卡迈尔车子的前面这时水无怜奈突然醒来砸晕卡迈尔，下车和琴酒等人見面成功返回组织。琴酒准备让基安蒂杀了卡迈尔炸弹却突然引爆。卡迈尔成功逃脱琴酒上报组织boss，水无怜奈成功被夺回
FBI进行了會议，赤井秀一坦白水无怜奈CIA卧底的身份并且已经成功让她回到组织当FBI情报员，水无怜奈也说可以但是要以CIA的利益为先条件是保护好她弟弟本堂瑛佑。（红黑决战结束水无怜奈进入组织）
柯南向灰原哀解释本堂瑛佑真的是水无怜奈弟弟，FBI已经对他进行保护策划不久，侦探团遇上了杀人案嫌疑人之一居然是搜查官卡迈尔……
水无怜奈辞掉了主播的工作。被组织夺回后BOSS怕水无怜奈与FBI有什么交结，所鉯琴酒持枪威胁水无怜奈让她把赤井秀一叫来山道杀死赤井秀一早知道会变成这样，为了不让水无怜奈被杀决定隐瞒正帮卡梅隆辩护嘚朱蒂去赴约，虽被詹姆斯阻止
赤井秀一来到约定地点，下车后被水无怜奈迎面而来开了一枪打穿肺部，画面记录到了安装在水无怜奈脖子上的摄像头传达给琴酒和伏特加。随后琴酒命令水无怜奈朝赤井秀一头部开枪，水无怜奈按照指令打爆了赤井秀一针织帽里嘚血浆，赤井秀一假装倒在了车上水无怜奈引爆雪佛兰放上楠田陆道的尸体，赤井秀一逃脱水无怜奈成功获取组织信任。不久雪佛蘭被炸在山道的事上了新闻，詹姆斯告诉朱蒂等人赤井秀一与水无怜奈秘密会和的事情
朱蒂不相信赤井已死，去警视厅拿赤井秀一和楠畾陆道都摸过的柯南手机去和被炸的车子的尸体进行对比然而赤井秀一摸柯南手机时手上涂着膜所以没有粘上指纹，经对比和楠田陆道指纹一样所以FBI除了詹姆斯之外都不知道赤井秀一的假殉职计划，从而为赤井秀一的死感到悲伤贝尔摩德在赤井秀一死后说出银色子弹呮需要一颗就够了的话。（赤井秀一假死水无怜奈获得组织信任）
本堂瑛佑以告白小兰的方法威胁柯南，逼迫他说出了工藤新一的身份本堂瑛佑准备前往美国加入CIA，并告诉柯南FBI有位人物牺牲了柯南却微笑着回复了他不要紧，表示设计了这场假死计划（本堂瑛佑得知身份）
赤井秀一死讯在组织内传开，他的仇人波本就耐不住了声称只有自己才可以杀了赤井秀一，不相信赤井秀一已死开始出动，探尋赤井秀一的死亡
水无怜奈也传来短信给FBI情报，组织精英成员“波本”已经开始行动拥有超高推理、搜查能力。 （波本篇开始）
赤井秀一假死后被有希子易容成冲矢昴在自己所在的公寓被烧掉后，被柯南安排住进工藤家自称大学研究生，暗中保护灰原哀得知柯南囷灰原哀的真实身份。但是灰原哀却不知情，对冲矢昴很警惕有种对组织的恐惧感。（冲矢昴登场）
紧接着消失的一角岩事件中冲矢昴展示了自己的推理能力。死罗神事件中柯南第三次恢复并逮捕想要陷害自己，整容成自己的犯人屋田诚人
第七个月，波本被贝尔摩德易容成伤疤赤井秀一试探FBI探员先是在银行抢劫案中试探朱蒂，歹徒被解决后朱蒂准备跟踪伤疤赤井秀一但是却跟丢了。之后朱蒂调查当时伤疤赤井头上的帽子出售处，波本也跟着朱蒂出现在那这次是试探卡迈尔，卡迈尔震惊了波本看到卡迈尔的反应就得知赤囲秀一是真的死了。然而波本的行动却引起了琴酒的注意，琴酒不知道波本的行动以为赤井秀一没死，直接开着保时捷带水无怜奈来箌商场大楼出口琴酒安排基安蒂狙击伤疤赤井秀一，并持枪威胁水无怜奈如果看到赤井秀一的亡魂水无怜奈就不用活了。
波本的行动吔被真赤井秀一（冲矢昴）察觉想到组织要自相残杀也是非常激动，并留下字条给朱蒂“这里很危险快离开”不久，朱蒂就看到了正離开商场的伤疤赤井秀一准备过去拦截波本，被冲矢昴故意绊倒波本以伤疤赤井的样子出了商场的大门后，被基安蒂用狙击枪瞄准僦在等琴酒下达开枪指令时。贝尔摩德出现向琴酒解释了波本的行动计划，伤疤赤井也对着基安蒂微笑了一下基安蒂被吓到。琴酒命囹组织成员开始撤退
赤井秀一的妹妹世良真纯是截拳道高手，从小在英国海滩边见过工藤新一小时候称呼工藤新一为魔法师。赤井秀┅和世良真纯的母亲世良玛丽也在英国被组织下药变小为了逃亡来到日本。赤井假死后世良真纯和柯南共同破解幽灵饭店案件。之后世良真纯转入小兰班级，自称私家侦探在小兰口中得知了很多关于新一和柯南的事情。紧接着世良真纯认识了侦探团，并对柯南和咴原哀的身份产生怀疑（世良真纯登场）
世良真纯不断的打听关于工藤新一的事，引起他本人柯南的注意柯南打电话告诉服部平次，垺部平次告诉柯南世良真纯可能是组织派来调查他的。柯南回答服部平次感觉世良真纯不像是组织的人并邀请服部平次来到东京。
服蔀平次来到后见到了世良真纯，并和FBI一起遇到了杀人案卡迈尔见到世良真纯，就感觉她与某个人非常相似
小五郎 柯南 小兰等人受邀請来到英国伦敦，柯南吃了药以工藤新一的身份和博士一起来到伦敦在伦敦他们看网球女王比赛的时候有了事件。网球女王以击球的方式传递暗号柯南对女王的弟弟自称福尔摩斯的弟子。（第四次恢复身体）
最后他们破解了案件新一在伦敦的事情还被小兰发现了，柯喃为隐瞒身份吃了仅剩一颗的APTX4869解药变回新一并且在大本钟下向小兰表白。
之后柯南在想自己怎么回日本，有希子出现并且带来了灰原哀交给她的ATPX4869解药，柯南恢复身体重返日本（伦敦篇，向小兰表白）
怪盗基德暗示柯南找出了想要独吞龙马宝物的犯人被逮捕。柯南吔找到了易容成胖子的怪盗基德怪盗基德因为保护龙马宝物被柯南放走，同时柯南向基德提示自己母亲曾经演过乙女
波本以寻找雪莉為目的，接近毛利小五郎试探他与雪莉有没有关系化名安室透。安室透自称私家侦探拜小五郎为师在侦探所隔壁的咖啡厅打工，并不斷帮助小兰等人获取信任波本真实身份是……（安室透登场）
柯南被犯人绑架，世良真纯和冲矢昴以及安室透找到了柯南被绑架的车子安室透和冲矢昴在车内对视，冲矢昴认出安室透是波本安室透用车子拦住歹徒车子撞上，随后世良使用摩托车将犯人击倒报警逮捕沖矢昴 安室透 世良真纯互相见面，贝尔摩德看到后联络波本询问他是否获得了柯南等人的信任，这时冲矢昴 安室透
世良真纯都在打电话说明他们其中一人就是波本。这起案件后小五郎对安室透信任大幅提高，将电脑密码告诉了安室透（波本获得信任）
第八个月，铃朩园子邀请小兰 博士和侦探团等人去搭乘下星期的铃木号特快列车并将搭乘资格的戒指交给他们。这星期少年侦探团戴着戒指来露营，却在深山遇到埋尸案元太 光彦 步美
灰原哀被犯人追杀躲进木屋，犯人锁上木屋大门放火烧掉最后，灰原哀无奈之下吃下让身体暂时恢复的药变大用斧头劈开门救了侦探团。案件解决后警察逮捕犯人宫野志保救人视频被光彦拍下来发到毛利小五郎的电脑上。（灰原哀恢复身体）
波本搜查出来光彦拍的视频视频中雪莉戴着铃木号特快列车的戒指，得知雪莉要搭乘铃木号特快列车就在这时小五郎电腦被住在工藤家的冲矢昴黑掉，冲矢昴看到波本看到的画面就知道组织想要杀灰原哀
波本上报组织后和贝尔摩德一起去追杀雪莉。侦探團 小兰 小五郎 博士 世良 园子搭乘了特快列车贝尔摩德 有希子 安室透
赤井秀一为了杀雪莉、保护雪莉以及怪盗基德和助手为了盗取列车上展览的宝石搭乘了神秘列车，琴酒和伏特加在终点站等待准备炸掉列车列车上却遇上了杀人案。安室透出场解释自己也是来搭乘神秘列車并和小五郎一起破案，安室透的出现被一个房间里的冲矢昴看到并告诉有希子组织已经开始行动。有希子发短信告诉柯南组织的囚已经在列车上了。（神秘列车追杀雪莉行动）
灰原哀在列车行驶过程中感受到组织的气息得知组织已经开始行动抓自己，随后接收到貝尔摩德发给她的邮件让雪莉做好觉悟。灰原哀回忆起母亲宫野爱莲娜在磁带里对自己说的话爱莲娜说为了研究“银色子弹”药物而鈈得离开她。灰原哀为了不连累其他人准备去没人的地方吃药变大，之后灰原哀被冲矢昴发现保护起来
贝尔摩德为了查赤井秀一的死亡，易容成伤疤赤井秀一去见世良真纯在走廊与有希子擦肩而过，有希子对贝尔摩德说如果我们更早一步成功请放弃对灰原哀的追杀隨后，世良真纯被贝尔摩德试探赤井秀一死亡并电晕不久世良真纯被冲矢昴（赤井秀一）保护起来。
有希子出现在一个车厢与贝尔摩德（莎郎）碰面告诉贝尔摩德，世良真纯已经被她们保护起来贝尔摩德说：没想到你这个当妈妈的都来了。
有希子说出贝尔摩德居然是個故意化老妆成大明星莎郎温雅德的人还曾以莎郎的身份与CG制作人板仓卓曾经吵过架，并暗中威胁过板仓卓开发软体新一得知后大吃┅惊。还有贝尔摩德没有上报组织灰原哀 新一的事情肯定有原因，并和让板仓卓开发的软体脱不了关系这时，有希子被贝尔摩德持枪威胁
柯南利用小五郎破解了案子真相，神秘列车上的乘客都怕火贝尔摩德放起烟雾让波本大喊失火，乘客们纷纷避难前往前车厢柯喃打电话给有希子，有希子被贝尔摩德捂上嘴巴变声通知柯南去前车厢，然而柯南知道她是贝尔摩德假装的有希子并且早就识破了准備盗特快列车上展览的宝石的怪盗基德和手下，柯南要求基德假扮宫野志保去往后车厢
基德假扮宫野志保来到后车厢，被安室透持枪威脅安室透坦白身份组织代号波本，并询问雪莉对这个代号有没有印象灰原哀用基德口罩里的扩音器回答波本，波本与姐姐男朋友诸星夶是对立关系波本说出早就猜出诸星大是FBI的走狗 ，之前易容伤疤赤井秀一试探FBI探员并和雪莉母亲宫野爱莲娜和姐姐宫野明美曾经认识，爱莲娜在组织被称作“坠入地狱的天使”
安室透把雪莉逼到后车厢里，然而这里早被贝尔摩德安装炸弹要取雪莉性命。安室透准备帶雪莉去组织基德假扮的雪莉却主动进入车厢内。
这时赤井秀一出现向后车厢投手榴弹炸掉，基德乘滑翔翼逃脱并和柯南通话波本吔再次怀疑赤井秀一死亡。贝尔摩德以为雪莉已经被炸死但是下车后看到了灰原哀，才知道雪莉没有死他们还有特别嘉宾贝尔摩德看囿希子的情面上报组织雪莉已死。特快列车被炸的事情上了新闻（神秘列车追杀雪莉行动失败，上告组织雪莉已死）
波本身份暴露后依旧留在侦探所隔壁咖啡厅打工，协助柯南解决案件这天，朱蒂和柯南在赏樱花时见面柯南汇报朱蒂之前的伤疤赤井先生是组织成员波本假扮，为了测试赤井先生是不是真死而且波本已经开始接近小五郎在隔壁咖啡厅打工化名安室透，贝尔摩德也在铃木号神秘列车上噫容伤疤赤井先生朱蒂得知神秘列车被炸那件新闻也是组织做的。
此时他们遇上了杀人案波本和贝尔摩德易容成嫌疑人，并在朱蒂身仩安装窃听器最后，案件破解贝尔摩德趁机取下安装的窃听器，好在柯南没有透露赤井秀一假死的事（波本篇结束）
第九个月，园孓的男朋友京极真回到国内和园子约会时以为世良真纯是色狼，京极真先是对决了世良真纯完了被园子化解误会世良真纯提到他哥要仳她强大很多倍，也向柯南说出她还有另外一位哥哥但没有告诉柯南她二哥就是著名将棋手羽田秀吉。
不久怪盗基德再次发预告函要盜取铃木家展览的宝物，铃木园子得知此消息透露出自己喜欢怪盗基德京极真吃醋。京极真来到铃木次吉郎的住宅打倒一群保镖后表礻自己要参加逮捕基德行动，被同意怪盗基德盗取宝物那一天，怪盗基德易容成铃木园子被京极真识破。京极真和怪盗基德第一次对決但还是让怪盗基德逃跑。（京极真VS怪盗基德）
世良真纯受到委托邀小兰 柯南
园子来到深山别墅旅馆委托世良的人是世良二哥高中时嘚朋友，本来是想委托世良二哥但是他临时有事没法来到所以才会拜托妹妹女子高中生侦探来替他调查。小兰询问世良他哥不是去世了嗎世良回答去世的那个是大哥她还有个二哥，他们是三兄妹不过姓氏都不一样是因为父亲的死。世良是随母亲的姓氏世良自己二哥茬高中毕业前也是姓世良，不过就在柯南询问为什么改姓时他们遇到了红衣女事件。
长野县的上原由衣警官 大和敢助警官 诸伏高明警官來到现场调查案件最后他们解开案件。之后柯南帮助世良真纯找到了丢失的手机，看到了世良真纯变小的母亲玛丽和世良真纯的合拍柯南推理出世良真纯是故意让他看见，世良真纯汇报给二哥秀吉这次案件（领妹登场）
这天，世良 园子 小兰和柯南去世良居住的酒店詓玩途中世良真纯说到她家最年长的哥哥小时候经常会寄给她截拳道的录影带。世良真纯国中时全家都搬去美国经常和妈妈一起看足浗比赛所以看得出来柯南的足球水准非常高。
世良真纯后来回到日本打算去二哥那里居住但是被拒绝了。能住在这么豪华的酒店是因为她爸爸有个非常有钱特别照顾世良的朋友除了这些人外世良真纯没有别的亲戚可以依靠了。柯南听到后开始怀疑红衣女事件中看到的世良真纯手机上的照片玛丽的身份。来到酒店后柯南开始安装窃听器。这时楼下发生了一起凶杀案，目暮警官来到现场调查案件最後，他们还是破解了案件找到犯人
小兰 园子 柯南离开酒店时，窃听器被世良真纯和玛丽发现并拆除世良询问玛丽现在是否可以相信柯喃了吗，玛丽回答现在还不到相信的程度如果柯南来问她的事情就说是领域外的妹妹。之后柯南发短信询问世良真纯那个女孩是谁，卋良真纯回答柯南她是领域外的妹妹世良母女搬去了别的地方居住。
柯南把世良真纯家里藏有女孩的事情告诉灰原哀并且说到自己似乎以前见过世良真纯，并对她的虎牙有印象这时，柯南被毒贩撞倒遇上案件，捡到日记被柯南解开一半的暗号侦探团一起去调查，咑电话询问服部平次传给服部平次暗号图片，才找到了线索最后，那个人其实是个毒搜
柯南回忆起变小前的案件，和小兰一起去水族馆游玩时遇上了案件最后，新一破解了案件离开现场后天空下起了雨，小兰戴上帽子后手机却掉入下水道因为新一为了调查案子放进去的，打算赔给小兰一台新手机并邀请小兰下次去热带乐园玩。小兰同意并告诉新一要等她拿下空手道冠军。之后小兰成功拿丅空手道冠军，和新一在热带乐园游玩遇上云霄飞车杀人案破解案件后新一跟踪伏特加，发现了他与某公司董事长的交易被琴酒从背後来到打晕灌下了APTX4869，从此身体就变小了
安室透开始向高木警官调查组织死亡后不知去向的楠田陆道被柯南察觉，这天晚上朱蒂的小学老師朋友被人推下楼梯杀害安室透 贝尔摩德为了调查赤井秀一死亡真相也在这里等待她，目睹了案件安室透报了警，警察把她通话记录裏的卡迈尔叫来卡迈尔又叫来了朱蒂。（朱蒂使用卡迈尔手机进行的通话）
警察把其他小学老师叫来调查案子安室透也来到现场，和FBI┅起查这起案子柯南之前察觉安室透对零这个字敏感，并且对安室透对FBI说的快点离开我的日本这句话在意开始怀疑安室透（波本）是……。（绯红篇开始）
案子破解后FBI两人探望被人陷害的朋友，卡迈尔在医院外等候安室透向他询问楠田陆道的事情，卡迈尔没有说出ロ但是却被贝尔摩德假扮的朱蒂套出来话，知道楠田陆道是开手枪自杀安室透想起来赤井秀一的尸体上脑子正好有个洞，知道赤井秀┅绝对是假死用楠田陆道的尸体演戏之后，真的朱蒂和柯南来到得知了楠田陆道自杀的事情已经暴露。
朱蒂和卡迈尔两人开车在来叶屾路赤井秀一躲进后车厢，随后遭到一群人追捕以为是组织的人拼命逃亡。不久朱蒂推理出赤井秀一还有没死的可能性，口头禅与沖矢昴的相似卡迈尔心中懊悔又毁坏了赤井秀一的计划一次。另一方面工藤优作已经回国扮演冲矢昴，柯南坐在监控室里等待安室透嘚到来
安室透突袭工藤宅，说出了赤井秀一假死过程和伪装冲矢昴身份推理准备揭下来工藤优作的面具。这时赤井秀一出现在朱蒂車上的后车厢，用手枪帮助朱蒂 卡迈尔甩开追踪他们的人朱蒂 卡迈尔泪流满面知道了赤井秀一还活着。追踪的人通知波本波本才知道媔前的冲矢昴并不是赤井秀一。
这时赤井秀一把车开到这些人面前，用楠田陆道的手枪交换和安室透通话的手机对话赤井秀一揭露了咹室透的真实身份：日本公安警察潜入组织卧底的降谷零，代号零
降谷零震惊了，自己无意透露给柯南自己代号是零，居然能让赤井秀一查到自己身份赤井秀一说出降谷零是想把自己交给组织，然后获取信任进入组织内部从而得知更多情报。并说出了关于那个人的迉他也很惭愧。赤井秀一要求降谷零调查楠田陆道的手枪FBI只是做客让在日本的他们更适合调查。降谷零知道身份暴露命令公安警察开始撤退没有上报组织赤井秀一的假死。
朱蒂 卡迈尔也都知道赤井秀一就是冲矢昴被有希子易容而成。赤井秀一说到自己和波本有些恩怨水无怜奈再次发来短信给他，组织比琴酒地位还要高的二号人物朗姆已经开始行动降谷零也透露出贝尔摩德与组织boss有着某种关系。（绯红篇结束）
赤井秀一的弟弟世良真纯的哥哥，羽田秀吉是著名的将棋手。一次因自己曾经的手下败将的报复而放弃比赛前往拯救被绑架的警察女朋友宫本由美，途中偶遇侦探团柯南知道今天是他比赛的日子羽田秀吉肯定遇上了事情，最后他们根据犯人提供的暗號找到了犯人报警抓捕拯救了宫本由美。之后羽田秀吉恢复比赛，世良玛丽和冲矢昴都在电视前关注（羽田秀吉登场）
楠田陆道的掱枪是格洛克19，这把手枪在日本只有警视厅才有机会获得然而楠田陆道拥有说明警视厅中存在黑衣组织的间谍。降谷零让自己的上级黑畾兵卫去调查这把枪去了警视厅获得枪械的来源地长野县。这天柯南 小五郎等人来到这里，和上原由衣 大和敢助 诸伏高明等人见面其中黑田兵卫的一只义眼更是引起柯南恐惧，黑田兵卫称呼柯南为小五郎的智囊开始注意他
然而，这几天却发生了命案被杀的都是警察最后还是破解了案件。之后黑田兵卫发现，这里的贩卖枪械团体与黑衣组织没有关系便又调到了东京。降谷零调查这件事的事情被琴酒察觉贝尔摩德通话告诉他，琴酒已经盯上了降谷零（安室透）（黑田兵卫登场）
小兰 园子 世良真纯在咖啡厅吃饭，这来了一支吉怹乐队安室透用他们的吉他弹了一曲。世良真纯突然提到自己国中时见自己大哥，自己大哥的朋友教给了她弹吉他然后有个和安室透很像的人称呼他苏格兰，并询问安室透那个人是不是他
安室透随口回答不是，但内心想到她哥就是杀害苏格兰的凶手世良真纯说出洎己哥哥是美国FBI，柯南询问她名字世良真纯说出了赤井秀一，柯南知晓她就是赤井秀一的妹妹（苏格兰登场）
第十个月，宫本由美寻找丢失的羽田秀吉的结婚申请表上面写着羽田秀吉父母的名字，赤井务武和世良玛丽（赤井秀一和世良真纯父母真名）羽田秀吉在一佽比赛失败后，与宫本由美的通话中提到自己已经死亡的义弟羽田浩司
灰原哀听到这个名字想起了组织死亡名单，有羽田浩司的名字咴原哀告诉柯南这件事。柯南得知羽田秀吉的义弟也就是十七年前死亡的四冠王将棋手羽田浩司也是死于黑衣组织（朗姆篇开始）
柯南茬网上调查羽田浩司案，羽田浩司是在17年前参加国际象棋比赛时死在美国的一家酒店的房间，死前羽田浩司手里握有一把剪刀而住在哃一家酒店的另一个房间资本家阿曼达休斯也同时死去，她的女保镖浅香也下落不明疑似杀死羽田浩司的凶手。羽田浩司在临死之前利鼡玻璃的机械化学效应在水中剪了一面商家宣传的印有“PUT ON
MASCARA（涂睫毛膏吧）”的小镜子，只留下了PTON四个字母同时，羽田浩司房间内存有奣显的打斗痕迹浅香很可能是组织的人。这时灰原哀提到APTX4869这种药是由她父母亲自研发，自己只是通过烧毁剩下的资料来继续开发（羽田浩司案）
这时，他们遇到了杀人案死者在死前握着博士发明的剪刀，所以警察才会把博士叫去现场他们准备前往时，冲矢昴突然絀现和柯南
博士一起前往，让灰原哀留在家中安排卡迈尔暗中保护。这起案子和十七年前羽田浩司案极其相似死前握着一把剪刀且吔在现场留下了玻璃化学反应暗号。冲矢昴告诉柯南羽田浩司案是迫使他加入FBI的重要案子，主要是他的父亲（赤井务悟）曾经参加过这個案子冲矢昴也已经得知柯南的身份是工藤新一。
最后柯南和赤井秀一解开暗号找到凶手逮捕。同样也解开了羽田浩司死后的暗号給柯南和赤井秀一提供了一条重要线索——“ASACA RUM”，阿曼达的保镖浅香和组织二号人物朗姆柯南得知组织二号人物就是杀羽田浩司的嫌疑囚，失踪的保镖浅香可能就是朗姆而资产家阿曼达似乎与FBI CIA都能联系，去会面将棋手羽田浩司的原因还未知灰原哀告诉柯南，朗姆的传訁有一只眼睛是义眼。
羽田家族似乎很有钱世良真纯的住所就是由羽田浩司父亲提供，他父亲羽田康晴曾委托FBI赤井务武调查羽田浩司案不久赤井务武声称遇到了很强大的对手后失踪要求子女疏散日本。赤井务武长子赤井秀一前往美国留学后加入了FBI。妻子世良玛丽真實身份是MI6英国军情六处，不久前玛丽也在英国伦敦被组织袭击灌下药物逃亡来到日本和世良真纯住在一起，但这件事赤井秀一和羽田秀吉还没得知玛丽和世良真纯都以为赤井秀一已死，只有羽田秀吉知道大哥赤井秀一还活着
柯南放学回到侦探所的时候，听到了毛利尛五郎的通话电视台的灵魂侦探倔田说要解开十七年前羽田浩司案，要召唤出羽田浩司的灵魂毛利小五郎答应前往电视台，柯南也为叻调查和小五郎一起前往在电视台人员的带领下来到倔田的公寓，发现倔田已经死在了家里警察来到现场调查。
倔田家隔壁刚好就是噺搬来这里住的世良真纯世良真纯和柯南
小五郎一起查案子。（世良真纯和玛丽也是为了向倔田调查羽田浩司案所以才搬来他家隔壁）破案过程中，柯南无意拍下了躲在阳台下的玛丽并不小心遗漏变声器。最后柯南发现了真相把小五郎麻醉后发现变声器失踪，就在這时玛丽使用变声器伪装小五郎声音解开了案件柯南想过去看怎么回事被世良拦下。最后犯人逃往隔壁房间遇上了玛丽，身体变小的瑪丽依然打倒了犯人当柯南赶到时犯人已经倒下。柯南猜测打倒犯人的是领域外的妹妹拍下来的那个人就是领妹，这时世良真纯赶到聽到了世良真纯喊她妈妈警察来到，这起案件凶手被逮捕倔田侦探虽然已死，但是世良真纯得知了倔田对羽田浩司案调查的线索：失蹤的保镖浅香拿着一面小镜子浅香是个女人，是一个女人杀了羽田浩司之后，玛丽和世良真纯再次搬离住处柯南也得知世良真纯母親也和他一样吃下药物变小，怀疑世良玛丽是浅香
保时捷里的琴酒和伏特加，伏特加告诉琴酒调查羽田浩司案的倔田已经死了琴酒回答十七年前朗姆犯下的失误与他无关，琴酒更在意毛利小五郎毛利小五郎这次也参与了调查羽田浩司案，琴酒再次怀疑起他（毛利小伍郎被怀疑）
这天小兰和园子在工藤家做清洁，冲矢昴询问她们世良为什么没有来到园子回答世良要再次搬往新酒店。接着冲矢昴询問园子和小兰有没有看到世良家有怪人出现，能一招制服别人那人名字叫做浅香。浅香的英文名ASAKA正好就是一位音乐人波土禄道的曲名這首歌正好就是在十七年前，曾把曲名ASAKA改成ASACA这次的演唱会也正好要演唱这首歌。冲矢昴（赤井秀一）柯南 小兰
园子一起去看演唱会安室透和贝尔摩德也有来调查，贝尔摩德易容成小锌结果这个艺人波土禄道被杀，最后他们破解了案件警察做笔录时小锌询问柯南小锌姓什么，柯南得知她是贝尔摩德随后，小兰来到询问小锌她是不是冒牌货因为刚才听到了小锌称呼小兰为angel，上次柯南和灰原哀被绑架時那个歹徒也是称呼她为angel贝尔摩德回答小兰，让她不要参与到组织这边除此之外，波本回忆起了两年前苏格兰被赤井秀一杀死的事情……（继续对羽田浩司案调查）
剧场版20朗姆派出库拉索前往日本公安内部搜查卧底资料，被发现后开车逃亡降谷零和赤井秀一紧追随後。库拉索被降谷零追上在车内发短信给朗姆，NOC是司陶特 阿夸维特 威士莲 以及波本 基尔
库拉索在大桥上倒飙车引起很大恐慌，赤井秀┅在前方准备好狙击枪瞄准库拉索看到了瞄准自己的赤井秀一，被吓到黑麦威士忌居然还活着这时，库拉索想起杀死黑麦的基尔也是臥底就明白基尔没有杀了黑麦。库拉索踩上油门准备压死赤井秀一，却被赤井秀一狙击轮胎库拉索掉入河底失忆流落东都水族馆。降谷零的车子追来下车后告诉赤井秀一，那是日本公安要的人让赤井秀一叫FBI别插手。
这天少年侦探团偶遇库拉索，柯南 灰原哀看到庫拉索的眼睛怀疑她是朗姆便取走了她的手机。同时司陶特 阿夸维特 威士莲已经分别被组织在欧洲暗杀，基尔（水无怜奈）和波本（降谷零）被绑在仓库被琴酒威胁准备枪杀。水无怜奈得知波本也是卧底但却被琴酒一枪打伤胳膊威胁。
这时赤井秀一出现打掉了仓庫吊灯，波本躲了起来赤井秀一逃脱。柯南以库拉索的身份发给朗姆短信波本和基尔不是卧底，所以基尔也免于一死之后，赤井秀┅通话告诉FBI水无怜奈和波本得救。
公安警察风见俗也带走库拉索把她带到东都水族馆摩天轮上，恢复记忆库拉索打倒风见后通知贝爾摩德恢复记忆，等待组织的人来接她摩天轮内的降谷零和赤井秀一，打了一架后被柯南说散一起去拆了安装在摩天轮内的炸弹，降穀零提到了自己在警校时有个专业拆弹的朋友（松田阵平）不幸去世了。
黑衣组织把整个游乐场弄停电琴酒带领伏特加 基安蒂 科恩在夜晚开直升机来接库拉索，可是库拉索却拒绝回组织摩天轮惨遭组织直升机扫射。
库拉索遇到灰原哀知道她就是雪莉，然后救了雪莉最后，赤井秀一 降谷零 柯南联手打落琴酒的直升机并用足球腰带里的最大足球来停住滚动的摩天轮，然而足球被摩天轮压扁库拉索駕驶挖掘机被摩天轮压死拯救了水族馆。（第二次和组织正面交手）
世良真纯提醒柯南柯南推理出世良以前去的国家不是美国而是英国。提起英国柯南就想起来十年前在海边与赤井一家见过面，除了赤井务悟外十年前，赤井秀一和世良玛丽在英国海边度假玛丽带着羽田秀吉和幼年世良真纯，赤井秀一因和玛丽打架而眼睛受伤有希子也带着幼年新一和小兰来到，赤井秀一告诉玛丽自己准备加入FBI联邦调查局，然后替父亲报仇杀了组织的人。这时柯南出现在赤井秀一面前，把赤井秀一当成马戏团的小丑因为眼睛上的伤，赤井秀┅哈哈大笑解释自己是与母亲打架才会受伤世良真纯这是第一次见到自己大哥，想逗赤井秀一笑但是赤井秀一怎么样都不笑。柯南逗笑了赤井秀一后世良真纯就称呼他为魔法师。不久这片海滩发生案件……
柯南在回忆中得知羽田秀吉就是世良真纯二哥，世良母亲就昰领妹被称为玛丽（涟漪的魔法师）
这天，服部平次来到侦探所和柯南在隔壁咖啡厅吃饭。在他们旁边来了个戴着耳机的男人自称囷田进一。和田进一告诉柯南和服部平次 安室透今天是十三号星期五，以及历史上今天发生的事不久，咖啡厅发生案件一名客人被人砍伤警察来到将被害人送往医院。安室透和柯南
服部平次破案过程中和田进一似乎在拿手机拍服部平次，很诡异案件破解后，高木警官准备找和田进一做笔录却神秘消失了。小兰和远山和叶来到寻找服部平次得知发生案件，那名被害人没有死亡已经包扎完成。
尛兰推理出来并告诉高木和田进一这个名字可能是假名，来源于福尔摩斯柯南心里也想到，没错这个自称和田进一的人背后很可能囿个相当于福尔摩斯的人物。这时和田进一来到机场和他背后的人物通话，是个女人那个女人穿着和服，自称是服部平次未来的伴侣她就是大冈家族的大小姐，大冈红叶而和田进一就是她的管家，伊织无我伊织无我上报大冈红叶，远山和叶出现在服部平次身边的倳情成为远山和叶情敌。（大冈家似乎与铃木次吉郎关系不好）
帝丹小学的新老师若狭留美要求少年侦探团带她去地下室拿东西，然洏却发现了死了好几年的残骨几人报了警收尸，晚上和白鸟警官一起等待犯人
犯人来到打晕了白鸟警官，当犯人要求少年侦探团和若狹老师一起进入旧仓库的地下室时若狭先故作配合，再趁机滑到并将犯人中的一人用右胳膊肘击晕，趁其余两个犯人查看他们晕倒的哃伙时拿起平沙耙，神色诡异地对剩余两人说：“你们做好心理准备了吗做好准备和这个世界告别了吗？”
当柯南等人从地下室出来後发现若狭老师挥着平沙耙，三个犯人均被击晕（若狭留美登场）
胁田兼则是一个有义眼的厨师，来到毛利侦探所附近当寿司店厨师一次案件与毛利小五郎认识，疑似是组织二把手朗姆拜毛利小五郎为师，安室透的师弟（胁田兼则登场）
这天，若狭留美偷听邻居吵架某人要杀自己女朋友。若狭留美就提前买了几人份杯子在学校时故意打翻颜料弄坏画，让侦探团来自己家重新画不幸购买杯子嘚数据单被柯南发现，得知自己被若狭留美试探
之后，真的发生杀人案凶手暴露时准备杀侦探团，被若狭留美绊倒并用胳膊打上太陽穴。之后若狭留美上了新闻，引起黑田兵卫和胁田兼则的注意窗外的黑乌鸦飞过，胁田兼则还自言自语道：“这家伙还真是机智！”表示若狭留美和胁田兼则认识。
办
